古建筑木结构本身就是比较重要的文物，因此在保护修复的过程中必须遵守文物保护的基本原则，即完整性和真实性的原则。不仅要保证古建筑木结构的完整性，还要坚持真实性原则，包括以下几个方面。坚持建筑材料的真实性，建筑原始材料是当时历史、科学及艺术的有效载体，只有坚持其真实性，才能大程度地保护文物所携带的各种信息和价值；坚持建筑工艺和设计的真实性，古建筑的工艺和设计反映了古代科学技术的发展水平，木结构的树种及物理学性质关系着建筑安全，也代表了古代工匠的认知水平；坚持低干预和原址保护，保护古建筑首先考虑原地保护，尽量避免搬迁和移动，低的干预才能保证古建筑的原状；坚持总体协调和可持续发展的原则，作出长远的保护修复规划，也为后人的保护修复留有余地，以便新材料和技术能顺利应用。随着科技的进步，许多先进的保护修复方法和技术开始应用于古建筑，尤其是一些化学试剂及方法。但是，《威尼斯宪章》修复章第十项提出：“当传统的技术不能解决问题时，可以利用任何现代的结构和保护技术来加固文物建筑，但这种技术应有充分的科学根据，并经实验证明其有效。”因此，在防止保护性的损害，处理中不能造成新的污染和损坏，所有的新材料和新工艺必须经过前期的实验和研究，证明对古建筑木结构是有效且无害的，才能使用。

殿堂式古建筑木结构是我国现存多、结构复杂的古建筑结构形式。现存典型的殿堂式古建筑有山西五台县佛光寺东大殿和南禅寺大殿等。这种结构不仅有着独特的构造形式，而且具有良好的抗震性能。在营造方面，它不用一钉一楔，梁柱节点均采用半刚性榫卯连接，柱脚平摆浮搁在础石之上，构架从下往上依次分为台基层、柱架层、铺作层和屋盖层;在结构抗震性能方面，榫卯节点的耗能减震、柱础的摩擦滑移隔震、减震以及枓栱铺作层的变形耗能减震很好地体现了古建筑木结构“刚柔相济，以柔克刚，滑移隔震，耗能减震”的抗震思想，在大力发展绿色生态建筑和节能建筑的今天，对发展现代建筑的隔震、减震及控震具有良好的指导意义和借鉴作用。 古代亭的主要材料一一木材。 木材的特性是可以就地取材;方便加工和装配;木质的物理性质柔韧,对于地震灾害有较强的抵御能力,所谓的“墙倒屋不塌”说的就是这个道理。在地震中,被作为填充墙的砖土可能倒塌,但是木质的框架一般是不会倒塌的。木质建筑之所以能够这样,就是来源于其自身的木质韧性以及木质建筑榫卯构造的相互牵引作用。像山西的应县佛宫寺舍利塔,此塔高六十余米,距今千年之久,现在屹立不倒,靠的就是传统榫卯结构的稳定性，另外,亭所用的木材可以用于结构、装饰和围护建筑,应用于建筑中,可以分为结构用材和装饰用材。结构用材一般所使用的都是树形较直、密度较高的木材。被用作建筑中的梁、枋等构件。在古代皇官的宫邸一般较多用造价极高的楠木做结构构件。对于装饰用的小木作,一般选用质地较硬的樟木、榉木等,方便雕刻出装饰图案。这些纹理质地较细的木作,主要用于栏杆扶手、门框。但在使用木材做围护材料的时候考虑到其隔声、隔热的性能不好,所以在现在建筑的设计中可以在围护的木质中间,加入隔声、隔热材料,满足现代建筑的功能需求。